Khi sử dụng Lập trình Flash Nios II (giờ đây là "quartus_pgm --nios2") với IP Bộ điều khiển Flash nối tiếp II trong một thiết kế, cần phải chỉ định một tùy chọn mới "-csr" trong chuỗi lệnh.
Tùy chọn --csr nên được chỉ định với địa chỉ giao diện "avl_csr" của lõi IP Bộ điều khiển Flash nối tiếp II. Ví dụ: trong một hệ thống Trình thiết kế nền tảng có khoảng địa chỉ của giao diện "avl_csr" 0x1000_0000-0x1000_003F, hãy sử dụng "-csr=0x10000000".
Tính năng này dự kiến sẽ được ghi lại đầy đủ trong phiên bản tương lai của Hướng dẫn Sử dụng Nios II Flash Programmer.