Điểm đồng hồ phần cứng không hoạt động trong Nios® II IDE khi bật cài đặt "Sử dụng cửa sổ bảng điều khiển FS2 để theo dõi và hỗ trợ điểm đồng hồ"trong tab Gỡ lỗi của cấu hình Gỡ lỗi. Bạn sẽ thấy thông báo lỗi "Việc thực thi chương trình bị tạm ngừng do lỗi." với các chi tiết cho thấy không thể chèn và xóa các điểm đồng hồ phần cứng.
Để giải quyết vấn đề, bạn phải sử dụng FS2 để điều khiển các điểm đồng hồ nếu bảng điều khiển FS2 mở. Để biết thêm chi tiết, hãy xem tài liệu FS2 nằm trong đường dẫn cài đặt \nios2eds\bin\fs2\doc.