Trong tất cả các phiên bản của phần mềm Quartus® II Qsys trước 12.0, bộ thời gian khoảng không xuất giao diện đầu ra đặt lại. Giao diện này được đồng hồ bấm giờ sử dụng để chỉ ra rằng cơ quan theo dõi đã hết hạn. Việc không có đầu ra đặt lại có nghĩa là bộ đồng hồ bấm giờ không thể đặt lại hệ thống Qsys khi hết thời gian chờ.
Vấn đề này đã được giải quyết trong phiên bản 12.0 và sau đó của phần mềm Quartus II.