JTAG UART có thể trở nên không ổn định nếu chân DEV_CLRn trên đầu vào FPGA đã được chỉ định (trong phần mềm Quartus® II) để tạo cài đặt lại trên toàn thiết bị và FPGA được đặt lại trong khi JTAG UART đang hoạt động.
Để giải quyết vấn đề này, không sử dụng chức năng DEV_CLRn hành trong các thiết kế với JTAG UART. Tắt cài đặt Enable device wide reset (DEV_CLRn) trong phần mềm Quartus II.