Số lượng lệnh mất nhiều hơn một chu kỳ đồng hồ được xác định bởi sự phức tạp của ALU và kiến trúc pipelining của nó. Do đó, chu kỳ tối thiểu và tối đa cho mỗi lệnh phụ thuộc vào lõi bạn chọn (Nios® II/f, Nios II/giây, Nios II/e).
Lõi Nios II/f có ALU lớn hơn, phức tạp hơn, thực hiện một số lệnh nhanh hơn. Lõi Nios II/e có ALU nhỏ hơn, nói chung mất nhiều chu kỳ đồng hồ hơn để thực hiện các hướng dẫn, sử dụng logic giao dịch cho hiệu suất. Ví dụ, sử dụng lõi Nios II/f, lệnh dịch chuyển thùng sẽ được thực hiện bằng cách hoán đổi các từ đầu tiên trước khi chuyển đổi từng bit, cho phép lệnh dịch chuyển thùng hoàn thành trong ít chu kỳ đồng hồ hơn. Lõi Nios II/e đơn giản thay đổi một bit một lúc thông qua một từ 32 bit, có thể mất đến 32 chu kỳ đồng hồ.
Để biết chi tiết về từng lõi Nios II bao gồm các chu kỳ mỗi lệnh, hãy tham khảo chương 5, Chi tiết Triển khai Lõi Nios II, trong Sổ tay Tham chiếu Bộ xử lý Nios II (http://www.altera.com/literature/lit-nio2.jsp).