Một vấn đề đã được xác định với hộp kiểm "Bắt đầu bộ xử lý" trong tùy chọn cấu hình gỡ lỗi trong Công cụ xây dựng phần mềm Nios® II cho các Eclipse. Bỏ chọn tùy chọn này không ngăn bộ xử lý chạy.
Vấn đề này sẽ được giải quyết trong một phiên bản trong tương lai của Công cụ Nios II mềm xây dựng cho các Eclipse.