Nếu cả hai thiết bị RP và EP PCIe hỗ® trợ Gen2 và liên kết chỉ xuất hiện ở tốc độ Gen1,
sau đó, đây có thể là vấn đề thiết lập.
Theo thông số kỹ thuật cơ bản của PCIe, khi liên kết nhập thành công vào L0 trong thế hệ thứ 1, phần mềm phải đặt bit 5 thanh ghi Kiểm soát liên kết trong cổng gốc để kích hoạt liên kết đào tạo lại cho đàm phán Gen2.
Đối với Altera® nhân PCIe, thanh ghi Kiểm soát Liên kết được đặt ở 0x90 gian cấu hình PCI.