Tùy chọn logic "Preserve Counter Order" giúp Quartus II không thể xoay đầu ra bộ đếm để đáp ứng các yêu cầu quạt có thể có của thiết kế. Ví dụ: khi không sử dụng "Thứ tự bộ đếm bảo toàn", đồng hồ được đặt trên C0 trong trình hướng dẫn có thể được xoay sang C2 trong giai đoạn biên dịch phù hợp để định tuyến thành công thiết kế.
Công việc tốt nhất cho vấn đề không phù hợp này là biên dịch thiết kế trước tiên mà không kích hoạt tính năng cấu hình lại PLL. Sau đó, sau khi thứ tự bộ đếm tối ưu được xác định, sửa đổi PLL để khớp với thứ tự đó (như được chỉ ra trong báo cáo sử dụng PLL), và sau đó bật tính năng cấu hình lại PLL. Quartus II sau đó sẽ duy trì thứ tự bộ đếm này vì đã bật cấu hình lại và bạn sẽ có một sự phù hợp thành công với thiết kế của mình.