Phần mềm Quartus® II phiên bản 9.1 SP1 trở lên có thể tạo ra các cảnh báo sau đây, khi một bộ thu phát PCS được sử dụng trong các thiết kế nhắm Stratix® IV:
Warning: PLL cross checking found inconsistent PLL clock settings:
Warning: Clock: |receive_pcs0|clkout does not match the master clock period requirement: 0.001
Warning: Clock: |transmit_pcs0|clkout does not match the matser clock period requirement: 0.001
Những cảnh báo này khi truyền và nhận đầu ra đồng hồ PCS có thể bị bỏ qua một cách an toàn vì khoảng thời gian đồng hồ cho các đồng hồ này được tự động đặt chính xác trong TimeQuest Timing Analyzer.
Vấn đề này hiện đang được lên lịch để được khắc phục trong phiên bản phần mềm Quartus II trong tương lai.