Bạn có thể gặp lỗi xác minh với lập trình phần mềm Quartus II phiên bản 5.1 nếu thiết bị flash của bạn không bị xóa khi bạn lập trình nó với một thiết kế mới. Lập trình viên trong phiên bản 5.1 không tự động xóa thiết bị flash trước khi lập trình. Bạn phải đánh dấu vào ô cho chức năng xóa để thực hiện xóa flash trước khi lập trình. Lập trình viên không cho phép bạn đánh dấu vào ô xóa và chương trình cùng một lúc.
Sự cố này đã được khắc phục bắt đầu với phần mềm Quartus II phiên bản 6.0.