Trong phiên bản phần mềm Quartus® II 13.0sp1 và cũ hơn, bạn phải xác định giá trị bộ đếm C (cnt_sel) dựa trên chỉ số bộ đếm vật lý, để chọn bộ đếm được chuyển pha. Thông tin chỉ mục bộ đếm vật lý có sẵn trong Sổ tay thiết bị Arria V, Cyclone V và Stratix V.
Trong phần mềm Quartus II phiên bản 13.1 trở lên, người dùng có thể chỉ định giá trị bộ đếm C (cnt_sel) dựa trên chỉ số truy cập logic. Chỉ mục bộ đếm logic ánh xạ đến số đồng hồ đầu ra (outclk0, outclk1...) trong hệ Altera Siêu chức năng PLL.
Đối với phiên bản phần mềm Quartus II 13.0sp1 và cũ hơn, xác định giá trị của giá trị bộ đếm C (cnt_Sel) với chỉ số bộ đếm vật lý.
Đối với phiên bản phần mềm Quartus II 13.1 trở lên, xác định giá trị của giá trị đếm C (cnt_sel) với chỉ số bộ đếm logic.