Để giải quyết vấn đề này trong phiên bản phần mềm v12.0SP2, sửa đổi tệp RTL cấp cao nhất Qsys được tạo tự động để đảm bảo các tham số sau được đặt:
.bypass_clk_switch_hwtcl ("sai"),
.cseb_cpl_status_during_cvp_hwtcl ("completer_abort"),
.core_clk_sel_hwtcl ("core_clk_250"),
.rx_ei_l0s_hwtcl (0),
.enable_l0s_aspm_hwtcl ("sai"),
Vấn đề này được khắc phục trong phiên bản 12.1sp1 của phần mềm Quartus II.