Do có vấn đề trong phiên bản phần mềm Quartus® II 10.1 trở lên, tệp pin-out (.pin) được tạo cho thiết bị Stratix® IV GT không chính xác hiển thị các chân CONF_DONE và nSTATUS là GND*.
Vấn đề này đã được khắc phục bắt đầu với phần mềm Quartus II phiên bản 11.0.