Phiên bản phần mềm Quartus® II 6.1 và 7.0 loại bỏ các bài tập toàn cầu cho bộ thu phát đồng hồ khi các kênh thu phát được hợp nhất, vì vậy một số đồng hồ có thể được chỉ định cho các tuyến đường cục bộ. Phần mềm Quartus II nên quảng bá đồng hồ thu phát lên các tuyến đường đồng hồ toàn cầu hoặc khu vực.
Sự cố này đã được khắc phục bắt đầu với phần mềm Quartus II phiên bản 7.1.
Ngoài ra để giải quyết vấn đề này trong phần mềm Quartus II phiên bản 6.1, cài đặt bản vá thích hợp từ danh sách sau: