Khi bạn gỡ lỗi phần mềm ứng dụng của mình bằng Nios® II IDE hoặc Nios II Software Build Tools cho Eclipse bạn có thể gặp phải vấn đề này.
Điều này là do trong khi thực thi được điều chỉnh ở chế độ gỡ lỗi, bộ xử lý không dừng bộ đồng hồ bấm giờ. Đây là một tính năng cố ý vì trong các hệ thống được triển khai, bộ đồng hồ bấm giờ nên kích hoạt ngay cả khi bộ xử lý đã chạy lệnh ngắt. Một số chuyên gia cho rằng bộ xử lý bị gián đoạn không thể làm mới bộ đồng hồ bấm giờ, vì vậy bộ đồng hồ bấm giờ đặt lại hệ thống và kết nối gỡ lỗi của bạn bị mất. Để tránh điều này, không cho phép đồng hồ bấm giờ trong khi gỡ lỗi.