Có vấn đề trong phiên bản phần mềm Quartus® II 9.1 trở lên, trong đó đường dẫn di chuyển từ thiết bị Stratix® IV GX EP4SGX530KH40 sang thiết bị HardCopy® IV GX HC4GX35FF1517 không nhận ra sự giới hạn về việc sử dụng các khối PCIe Hard IP (HIP) trong giai đoạn phù hợp Stratix IV GX.
Khi một thiết kế nhắm mục tiêu đến thiết bị HardCopy IV GX HC4GX35FF1517 với thiết bị Stratix IV GX EP4SGX530KH40 làm nguyên mẫu và có giao diện PCIe, chỉ sử dụng bộ thu phát quads GXBL0, GXBL1, GXBR0 và GXBR1 với các khối PCIe HIP. Khối PCIe HIP không khả dụng cho bốn khối GXBR2 và GXBL2.
Vấn đề này được lên lịch sẽ được khắc phục trong bản phát hành phần mềm Quartus II trong tương lai.