Do vấn đề với phần mềm Quartus® II phiên bản 13.0sp1 trở lên, không có hỗ trợ Cyclone® V SoC HPS cho bộ điều khiển DDR2 SDRAM với UniPHY. Một thiết kế triển khai bộ điều khiển HPS SDRAM cho DDR2 SDRAM với chiều rộng dưới 24 bit sẽ không hoạt động trong phần cứng.
Vấn đề này đã được khắc phục với phần mềm Quartus II phiên bản 13.1 trở lên.