Do vấn đề ở phần mềm Quartus II phiên bản 9.1 trở lên, đồng hồ đầu ra có thể không chuyển đổi trong quá trình mô phỏng chức năng của bộ đếm đầu ra PLL phân tầng trong các thiết kế nhắm mục tiêu đến các thiết bị Cyclone III và Cyclone IV. Vấn đề này liên quan đến mô hình mô phỏng chức năng và không ảnh hưởng đến hành vi phần cứng.
Để giải quyết vấn đề này, hãy sử dụng mô phỏng thời gian khi siêu chức năng ALTPLL được định cấu hình để sử dụng tầng bộ đếm đầu ra. Mô phỏng thời gian không bị ảnh hưởng bởi vấn đề trong các mô hình mô phỏng chức năng.