Một vấn đề đã được xác định khi xuất trực tiếp tín hiệu từ giao diện Avalon Memory Mapped (Avalon-MM) bằng cách sử dụng lệnh tcl. Người dùng xuất tín hiệu ngược với hậu tố "_n" sẽ thấy rằng những tín hiệu này có thể có độ phân cực sai. Sự cố này không ảnh hưởng đến người dùng khởi tạo mã hdl trực tiếp trong Qsys, chỉ những người xuất tín hiệu không có mã hdl.
Để giải quyết vấn đề này, chỉ xuất các tín hiệu không đảo ngược trong lệnh tcl và đảo ngược các tín hiệu này bên ngoài nếu cần thiết. Vấn đề này có thể ảnh hưởng đến cả đầu vào và đầu ra cho dự án Qsys và sẽ được khắc phục trong phiên bản tương lai của công cụ Qsys.