Phần mềm Quartus® II phiên bản 9.1 có thể tạo ra các tệp lập trình không chính xác cho các thiết kế nhắm mục tiêu đến các thiết bị EP2AGX45 và EP2AGX65 Arria® II GX. Sự cố này có thể xảy ra khi bạn lập trình thiết bị của mình với Lập trình Quartus II hoặc sử dụng các định dạng tệp sau: .pof, .rbf, .hexout, .ttf, .rpd, .jic, .jam, .jbc, và .svf. Sự cố này gây ra lỗi chức năng trong một số thiết bị sau khi lập trình.
Để giải quyết vấn đề này cho bản tải xuống phần mềm Quartus II phiên bản 9.1 và cài đặt bản vá thích hợp từ các liên kết bên dưới, sau đó hồi quy các tệp lập trình cần thiết và lập trình lại thiết bị. Lưu ý rằng các tệp .sof được tạo trong quá trình biên dịch không bị ảnh hưởng, vì vậy không bắt buộc phải biên dịch lại. Vấn đề này sẽ được sửa chữa trong phiên bản tương lai của phần mềm Quartus II.