Có thể, tùy thuộc vào tần số đồng hồ tham chiếu đầu vào phụ mà người dùng đang chuyển sang, tần số đồng hồ đầu ra PLL có thể thay đổi. Điều này là do các cài đặt bộ đếm PLL sẽ không đổi trong quá trình chuyển đổi đồng hồ thủ công và do đó tần số đồng hồ đầu ra mới sẽ dựa trên đồng hồ tham chiếu đầu vào mới và các cài đặt bộ đếm PLL. Ví dụ:
Cài đặt từ siêu chức năng altpll
Inclk0 = 20 MHz
Inclk1 = 18 MHz
Đầu ra = 100 MHz
Bộ đếm N = 1
Bộ đếm M = 30
Bộ đếm tỷ lệ bài = 6
VCO = 600 MHz
Trong trường hợp này, khi đồng hồ đầu vào được chuyển đổi thủ công từ inclk0 sang inclk1, tần số đầu ra mới hiện là 90 MHz thay vì 100 MHz dựa trên các cài đặt trên.
Lưu ý rằng việc thay đổi tần số đầu vào có thể khiến PLL mất khóa, nhưng miễn là đồng hồ đầu vào vẫn ở trong tần số dải khóa tối thiểu và tối đa, PLL sẽ có thể đạt được khóa.
Tham khảo sổ tay tương ứng của thiết bị để biết thêm chi tiết và hướng dẫn sử dụng chuyển đổi đồng hồ thủ công.