Do có vấn đề trong phần mềm Quartus® II phiên bản 11.0, mô phỏng PLLs trong các thiết bị Stratix® V luôn hiển thị tần số đồng hồ đầu ra giống nhau bất kể tần số của đồng hồ tham chiếu.
Sự cố này đã được khắc phục bắt đầu với phần mềm Quartus II phiên bản 11.0 SP1, trong đó mô phỏng hiển thị một cảnh báo vì tín hiệu đồng hồ tham chiếu không có khoảng thời gian quy định. Tuy nhiên, tần số đồng hồ đầu ra điều chỉnh theo tần số của tín hiệu đồng hồ tham chiếu.