HPS GPIO được cấu hình bởi phần mềm HPS trong quá trình khởi động, miễn là HPS GPIO được kích hoạt trong hệ thống Trình thiết kế nền tảng. Chúng hoạt động sau khi được cấu hình bởi phần mềm FSBL và có thể được kiểm soát bởi phần mềm người dùng. Intel® Quartus® prime phiên bản phần mềm nên tạo ra một cảnh báo hoặc lỗi nếu các tín hiệu này được kích hoạt trong hệ thống Trình thiết kế nền tảng nhưng không được kết nối với các chân thiết bị trong thiết kế.
Các phiên bản trong tương lai của phần mềm Intel Quartus Prime Edition được lên lịch để tạo ra thông báo lỗi/cảnh báo nếu tín hiệu HPS GPIO được kích hoạt trong hệ thống Trình thiết kế nền tảng nhưng không kết nối với chân thiết bị trong thiết kế.